Rapport final d'évaluation préalable - Canada.ca (2024)

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• Sommaire
• Introduction
• Décisions d'autorités compétentes sur le plan national et international
• 1. Évaluation du danger
  • 1.1 Caractérisation de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.
    • 1.1.1 Identification taxonomique et historique de la souche
    • 1.1.2 Propriétés biologiques et écologiques
    • 1.1.3 Effets
  • 1.2 Gravité du danger
• 2. Évaluation de l'exposition
  • 2.1 Sources d'exposition
  • 2.2 Caractérisation de l'exposition
    • 2.2.1 Exposition de l'environnement
    • 2.2.2 Exposition humaine
• 3. Caractérisation des risques
• 4. Conclusion
• 5. Références
• Annexes
  • A. Arbre phylogénétique
  • B. Analyse de l'ester méthylique d'acide gras (EMAG)
  • C. Cinétique de croissance
  • D. Croissance dans différents milieux

• Tableau 1-1: Principales souchothèques où la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a été déposée
• Tableau 1-2: Caractéristiques morphologiques et de croissance de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., de la souche SP2 de Pseudomonas sp. et de la souche PAO1 de P. aeruginosa
• Tableau 1-3: Caractéristiques biochimiques de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., de la souche SP2 de Pseudomonas sp. et de la souche PAO1 de P. aeruginosa
• Tableau 1-4: Caractéristiques moléculaires de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., de la souche SP2 de Pseudomonas sp. et de la souche PAO1 de P. aeruginosa
• Tableau 1-5: Différentiation des souches ATCC 13867 et SP2 de Pseudomonas sp. fondée sur la morphologie cellulaire, la composition en acides gras et la sensibilité aux antibiotiques, adaptée d'Arasu et al. (2013)
• Tableau 1-6: Profils de sensibilité aux antibiotiques de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. (établis à l'aide de la méthode de diffusion sur disque), adaptés d'Arasu et al. (2013)
• Tableau 1-7: Sensibilité de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. aux antibiotiques
• Tableau A-1: Analyse de l'ester méthylique d'acide gras (EMAG) de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.
• Tableau A-2: Cinétique de croissance de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. dans des milieux liquides sur une période de 24 heures
• Tableau A-3: Croissance de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. à 28 oC (48 heures) dans différents milieux

• Figure 1-1: Sous-arbre de l'arbre phylogénétique construit à l'aide des séquences génétiques de l'ARN ribosomique 16S illustrant les espèces et les souches qui sont étroitement apparentées à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.
• Figure 1-2: Sous-arbre de l'arbre phylogénétique construit à l'aide des séquences génétiques de l'ARN ribosomique 16S illustrant les espèces et les souches qui sont étroitement apparentées à l'espèce pathogène P. aeruginosa
• Figure A-1: Arbre phylogénétique construit à l'aide des séquences génétiques de l'ARN ribosomique 16S illustrant les espèces qui représentent les principaux groupes du genre Pseudomonas
• Figure A-2: Arbre phylogénétique partiel construit à l'aide des séquences génétiques de l'ARN ribosomique 16S de l'espèce Pseudomonas
• Figure A-3: Analyse du groupement à liens simples dans la base de données environnementales et souches sélectionnées
• Figure A-4: Analyse du groupement à liens simples dans la base de données cliniques

Conformément à l'article74b) de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement(1999)[LCPE], laes ministres de l'Environnement et du Changement climatique et la ministre de la Santé ont procédé à une évaluation préalable de la souche ATCC^{Note de bas de page1} 13867 de Pseudomonassp.

La souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. appartient à un groupe de souches dont le nom de l'espèce n'est pas validé. Avant 1982, l'espèce était appelée Pseudomonas denitrificans, avant que ce nom soit officiellement rejeté. Par conséquent, pour les besoins de la présente évaluation, le nom «souche ATCC13867 de Pseudomonas sp.» sera utilisé lorsqu'on abordera des données se rapportant spécifiquement à cette souche.

La souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. est une bactérie qui prolifère dans le sol et dans l'eau. Elle a des propriétés qui lui confère une utilisation potentielle dans la production de la vitamineB₁₂, du coenzymeQ ainsi que d'autres produits biochimiques et de biocarburants; de même que dans les produits de dénitrification destinés à l'amélioration des sols, au traitement des boues activées et des eaux usées ainsi qu'à la dégradation du pétrole.
Aucun cas d'effets nocifs chez les plantes terrestres et aquatiques, les invertébrés et les vertébrés n'a été signalé à l'égard de la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. et aucune infection chez les humains n'a été attribuée spécifiquement à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ou à l’une de ses proches.

La présente évaluation prend en compte les caractéristiques de la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. mentionnées ci-dessus à l'égard des effets sur la santé humaine et l'environnement associés à l'utilisation des produits de consommation et commerciaux et des procédés industriels visés par la LCPE, notamment les rejets dans l'environnement par le flux de déchets et l'exposition humaine fortuite par l'intermédiaire des milieux naturels. Afin de mettre à jour les renseignements sur les utilisations actuelles de cette substance, le gouvernement a lancé une enquête pour la collecte obligatoire de renseignements en application de l’article71 de la LCPE, tel que publiée dans la PartieI de la Gazette du Canada le 3octobre2009 (Avis en vertu de l'article71). Les renseignements fournis en réponse aux avis publiés en vertu de l'article71 indiquent que la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. n'était importée ou fabriquée au Canada.

Compte tenu de tous les éléments de preuve contenus dans la présente évaluation préalable, la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. présente un faible risque d'effets nocifs sur les organismes et sur l'intégrité globale de l'environnement. On conclut que la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. ne satisfait pas aux critères énoncés aux alinéas64a) ou b) de la LCPE, car elle ne pénètre pas dans l'environnement en une quantité ou concentration ou dans des conditions de nature à avoir, immédiatement ou à long terme, un effet nocif sur l'environnement ou sur la diversité biologique, ou à mettre en danger l'environnement essentiel pour la vie.

À la lumière des renseignements contenus dans la présente évaluation préalable, on conclut que la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. ne satisfait pas aux critères énoncés à l'alinéa64c) de la LCPE, car elle ne pénètre pas dans l'environnement en une quantité ou concentration ou dans des conditions de nature à constituer un danger au Canada pour la vie ou la santé humaines.

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Conformément à l'alinéa74b) de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement (1999)[LCPE], la ministre de l'Environnement et du Changement climatique et la ministre de la Santé sont tenues de procéder à l'évaluation préalable des organismes vivants ajoutés à la Liste intérieureen vertu de l’article 105 de la Loi, afin de déterminer si lesdits organismes présentent ou sont susceptibles de présenter un risque pour l'environnement ou la santé humaine [d'après les critères énoncés à l'article64 de la LCPE]^{Note de bas de page2}. Cette souche a été ajoutée à la Liste intérieure des substances en vertu du paragraphe105(1) de la LCPE, parce qu'elle a été fabriquée ou importée au Canada entre le 1^erjanvier1984 et le 31décembre1986, et qu'elle a pénétré ou a été rejetée dans l'environnement sans être assujettie à la LCPE ou à toute autre loi fédérale ou provinciale.

La présente évaluation préalable tient compte des renseignements sur les risques tirés du domaine public et de données de recherche non publiées, ainsi que des commentaires d'examinateurs scientifiques. Les renseignements liés à l'exposition ont été obtenus à partir du domaine public et des renseignements découlant de l'avis obligatoire relatif à l'article71 de la LCPE publié le 3octobre2009 dans la PartieI de la Gazette du Canada. De plus amples précisions concernant la méthode d'évaluation des risques utilisée sont accessibles dans le document intitulé «Cadre d'évaluation scientifique des risques liés aux micro-organismes réglementés en vertu de la Loi canadienne sur la protection de l'environnement (1999)» (EnvironnementCanada et SantéCanada, 2011).

Dans le présent rapport, les données propres à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. inscrite sur la Liste intérieure des substances sont ainsi indiquées. Les données propres à la souche proviennent de plusieurs sources, dont le proposant, l' American Type Culture Collection (ATCC) ainsi que des documents non publiés produits par SantéCanada^{Note de bas de page3}et les publications scientifiques. Lorsque les données propres à la souche n'étaient pas disponibles, des données de substitution provenant de recherches documentaires ont été utilisées. Lorsqu'il y a lieu, les recherches documentaires sur l'organisme comprenaient ses synonymes ainsi que ses noms périmés. Les recherches documentaires ont été effectuées à l'aide de bases de données de publications scientifiques (SCOPUS, CAB Abstracts et PubMed du NCBI), de recherches sur le Web, et de termes de recherche clés afin de cerner les dangers pour la santé humaine et l'environnement. Des renseignements recensés jusqu'en août2014 ont été pris en compte dans le présent rapport d'évaluation préalable.

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L'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) a classé l'espèce appelée Pseudomonas sp. dans le groupe de risque1 (risque faible pour l'individu et pour la collectivité) pour les humains et les animaux terrestres (communication personnelle, ASPC, 2014).

L'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) ne considère pas l'espèce appelée Pseudomonas sp. comme un agent zoopathogène (communication personnelle, ACIA, 2014). Certains membres du genre Pseudomonas sont considérés comme des agents pathogènes des plantes; toutefois, dans le cas de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., il n'a pas été possible de déterminer s'il s'agissait ou non d'une souche pathogène. Par conséquent, si l'organisme devait être importé, les exigences relatives au niveau de confinement1 des phytoravageurs (PPC-1) devraient être appliquées pour tous les travaux effectués avec cet organisme (communication personnelle, ACIA, 2014).

Aucune autre décision en matière de réglementation de la part d'autres gouvernements ou organismes internationaux^{Note de bas de page4} n'a été relevée concernant la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., et ce, malgré ses nombreuses utilisations actuelles et potentielles.

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Nom binomial:Pseudomonas sp.

Désignation taxonomique:

Règne:Bacteria

Embranchement:Proteobacteria

Classe:Gammaproteobacteria

Ordre:Pseudomonadales

Famille:Pseudomonadaceae

Genre:Pseudomonas

Espèce:Pseudomonas sp.(Doudoroff et al., 1974; JCICSB, 1982)

Souche:ATCC 13867

Voici d'autres désignations de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.: 926, NCIB 9496, NCIMB 9496 BCRC 14386, CCRC 14386, CCT 5425, CCUG 1783, CIP 104375, DSM 1650, DSM 1650/5040, Hugh 926, IAM 12573, IFO 13302, JCM 20650, LMD 84.60, LMG 7983, NBIMCC 1625, NBRC 13302 (Delwiche, 1959; Doudoroff et al., 1974; Sacks et Barker, 1952).

1.1.1.1 Synonymes et noms périmés

Pseudomonas denitrificans (Lysenko, 1961; Peix et al., 2009), Pseudomonas nitroreductans Iizuka and Komagata 1964 emend. Lang et al. 2007 (DSMZ, 2014); Pseudomonas multiresinivorans (Mohn et al., 1999; DSMZ, 2014), Bacillus denitrificans fluorescens Christensen, 1903 (Lysenko, 1961).

Auparavant, la souche ATCC 13867 était désignée par le nom P. denitrificans, mais ce nom a été rejeté officiellement en 1982, ayant été déclaré nomen ambiguum d'après une caractérisation phénotypique et génotypique limitée (Doudoroff et al., 1974; JCICSB, 1982). Bien que ce nom d'espèce ait été rejeté, on trouve souvent dans les publications le nom P. denitrificans pour désigner la souche inscrite sur la LIS (ATCC 13867) et une autre souche (ATCC 19244). Cependant, ces deux souches représentent différentes espèces qui se distinguent par la composition de leur ADN et au moins 40caractéristiques phénotypiques (Doudoroff et al., 1974). Ainsi, le nom «souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.» sera utilisé pour exposer les données spécifiques à la souche inscrite sur la LIS (même si un autre nom est utilisé dans la source). Comme il se peut que des souches auparavant nommées P. denitrificans ne soient pas étroitement apparentées à la souche inscrite sur la LIS, celles-ci ne sont pas considérées comme des substituts fiables. Or, afin d'assurer la protection de l'environnement et de la santé humaine, on a pris en compte dans la présente évaluation les effets nocifs signalés ayant été attribués à P. denitrificans dans les cas où la souche en question pouvait vraisemblablement être étroitement apparentée à la souche inscrite sur la LIS.

1.1.1.2 Historique de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.

La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a été isolée du sol après enrichissem*nt dans un milieu succinate-nitrate (Sacks et Barker, 1949). Nommée initialement Pseudomonas denitrificansBergey et al. souche 926 ou Hugh 926, elle a été déposée à l' American Type Culture Collection (ATCC) par R. Hugh, qui l'avait reçue de C. Delwiche (Tableau1-1).

1.1.1.3 Phylogénie du genre Pseudomonas

Les membres du genre Pseudomonas sont des bactéries à Gram négatif, diversifiés, largement répandus et dominés par des colonisateurs saprophytiques non pathogènes du sol, de l'eau et des écosystèmes de la rhizosphère ainsi que par des colonisateurs commensaux de la peau humaine saine (Cogen et al., 2008; Li et al., 2013a). Auparavant, le genre Pseudomonas (sensu lato) comprenait des membres des protéobactéries alpha, bêta, gamma-bêta et gamma, dont un grand nombre a été ou devrait être reclassé par des méthodes taxonomiques modernes. Un sous-groupe de l'espèce Pseudomonas classé dans les protéobactéries gamma est considéré comme appartenant au genre (sensu stricto), notamment les groupes d'espèce suivants: P. aeruginosa, P. chloroaphis, P. fluorescens, P. putida, P. stutzeri et P. syringae.

Un arbre phylogénétique a été construit à l'aide des séquences génétiques de l'ARN ribosomique16S et des séquences obtenues auprès d'Anzai et al. (2000) [annexe1, Figure A-1]. La souche inscrite sur la LIS (nommée Pseudomonas denitrificans ATCC 13867 dans la Figure1-1) est une espèce distincte de la souche néotype ATCC 19244 de P. denitrificans (nommée Pseudomonas denitrificans IAM12023 dans la Figure1­2), et elles se regroupent différemment dans l'analyse phylogénétique (annexe1, FigureA­2). La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. n'appartient pas au groupe P. aeruginosa (Figure1­1), mais la souche ATCC 19244 de P. denitrificans y appartient (Figure1­2).

1.1.1.4 Caractéristiques phénotypiques et moléculaires

Cette section décrit les caractéristiques qui peuvent être utilisées pour différencier la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., une souche étroitement apparentée (SP2, voir la figure1-1) et la souche PAO1 de Pseudomonas aeruginosa, un pathogène apparenté représentatif (Tableau1-2. au Tableau1-4 ). Les observations effectuées par les scientifiques de Santé Canada sur la souche ATCC 13867 étaient cohérentes avec celles mentionnées dans les publications scientifiques en ce qui a trait à la plupart des caractéristiques morphologiques et de croissance. Bien que Santé Canada n'ait pas produit les courbes de croissance, il a été observé que la taille de la colonie de la souche ATCC 13867 Pseudomonas sp. variait en fonction de la température à laquelle elle était incubée lorsqu'elle était déposée sur une plaque couverte d'un bouillon trypticase soya pendant 48heures (1 à 2mm à 28°C, 1mm à 32°C, 3mm à 37°C et 0,5mm à 42°C). Ce résultat semble indiquer que le taux de croissance optimal serait atteint à une température de près de 37°C.

1.1.2.1 Paramètres de croissance

La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. est une bactérie du soufre incolore ayant un métabolisme mixte (Robertson et al. 1989). Elle est anaérobie facultative, chimiolithotrophe facultative et est capable de nitrification hétérotrophe et de dénitrification aérobie (Kornaros et Lyberatos, 1998; Robertson et al., 1989). Elle peut utiliser diverses sources de carbone et passer d'une source privilégiée de carbone à une source secondaire selon une tendance à la croissance diauxique (Casasus et al., 2005; Hamilton et al., 2005). La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a atteint un taux de croissance maximal de 0,043mg biomasse sèche/mL par heure dans 4g/L de glucose (Apel et Turick, 1993). La souche inscrite sur la LIS est également capable d'utiliser du succinate, des extraits de levure, de l'éthanol et des boues d'épuration préalablement traitées comme sources de carbone et d'énergie (Dasu et al., 1993; Nilsson et al., 1980; Wu et al., 2001). La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ne s'est pas développée à 4°C ni à 40°C (Doudoroff et al., 1974). La cinétique de croissance et la croissance dans différents milieux de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. sont présentées aux annexes3 et 4, respectivement.

1.1.2.2 Persistance et survie dans l'environnement

Dans le cadre d'une étude, on a élaboré des marqueurs d'ADN propres aux souches à partir du polymorphisme de longueur de fragments amplifiés pour déceler la souche de Pseudomonas sp. ATCC 13867 et d'autres espèces de Pseudomonas (Xiang et al., 2010). Ces marqueurs ont été utilisés en combinaison avec une PCR quantitative en temps réel afin d'effectuer le suivi des concentrations estimées des cellules de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. dans le sol au fil du temps. Des suspensions de cellules de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ont été ajoutées à un sol agricole en laboratoire jusqu'à l'obtention d'une concentration finale de 10⁸ à 10¹⁰UFC/g poids sec.La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a persisté dans le sol de loam argileux (22°C, pH de 5,8, capacité de rétention d'eau de 60%) pendant au moins 181jours, ce qui indique une grande capacité de colonisation. Les auteurs laissent entendre que la persistance à long terme observée chez la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. (supérieure à celle de P. aeruginosa et égale à celle de P. stutzeri) peut être attribuable à la flexibilité métabolique de l'espèce et particulièrement à sa capacité de dénitrification aérobie (Xiang et al., 2010).

Dans une autre étude, la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a formé des biofilms dans des colonnes à renouvellement continu sous pression. Les colonnes contenaient du mudstone et du grès à diatomées ainsi que de l'eau souterraine synthétique et un supplément d'acétate de sodium. Le nombre de cellules a augmenté pendant la période expérimentale de 28jours (Harrison et al., 2011; Wragg et al., 2012).

Selon ces études, des populations introduites de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. devraient persister et proliférer dans certaines conditions environnementales et en présence d'éléments nutritifs.

1.1.2.3 Transformation du nitrate et du nitrite

Il a été mentionné que la croissance de la souche inscrite sur la LIS était plus rapide lorsque le nitrate et l'oxygène étaient présents simultanément que lorsqu'il n'y avait que l'un ou l'autre des accepteurs d'électrons (Robertson et al., 1989). La souche inscrite sur la LIS pouvait réduire rapidement le N2O en N2; le taux d'élimination maximal de N2O de 0,017mM/h/mg biomasse sèche a été atteint à la température de 35˚C et à la concentration initiale de N2O de 0,9mM (Apel et Turick, 1993). À des concentrations supérieures à celle-ci, le taux de réduction diminuait (Apel et Turick, 1993).Lorsque la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. se développait dans le nitrate ou le nitrite, on notait une production immédiate de gaz de N2 (Robertson et al., 1989). Les scientifiques de Santé Canada ont également observé la capacité de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. à réduire les nitrates et à produire du gaz.

1.1.2.4 Résistance aux antibiotiques, aux métaux et aux autres agents chimiques

La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. contient de multiples gènes de résistance aux antibiotiques, aux métaux et à d'autres agents chimiques (Winsor et al., 2011), notamment:

• protéine de la famille des métallo-bêta-lactamases et bêta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase (ampC);
• pompes à efflux, y compris le système de pompe à efflux polychimiothérapeutique de type résistance/nodulation/division cellulaire (RND) [gènes repérés: MexR, RND, SugE], protéine à domaine de résistance à l'acide fusarique;
• kinase de résistance aux antibiotiques hydroxyurée/aminoglycoside;
• protéine de résistance au cobalt/zinc/cadmium (CzcA);
• glyoxalase/protéine de résistance à la bléomycine/dioxygénase;
• protéineA de résistance au cuivre;
• protéine de résistance au peroxyde d'hydrogène organique;
• protéine phosphinothricine-N-acétyl-transférase (résistance à l'herbicide).

Le profil de sensibilité aux antibiotiques de la souche inscrite sur la LIS a été publié récemment (Arasu et al., 2013). Dans le cadre d'essais effectués à l'aide de la méthode de diffusion sur disque, la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. présentait une sensibilité aux représentants des principales classes d'antibiotiques, dont les aminoglycosides, les inhibiteurs de β-lactamase et les fluoroquinolones; une résistance aux carboxypénicillines et une sensibilité variable aux céphalosporines ont été signalées (Tableau1-6). La zone d'inhibition a été mesurée après l'incubation à 37°C pendant 17heures.

Une souche obtenue auprès de C. Delwiche (première personne à avoir déposé la souche inscrite sur la LIS à l'ATCC), qui est vraisemblablement la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. inscrite sur la LIS, a été utilisée dans une étude visant à comparer l'effet inhibiteur des métaux lourds sur les pseudomonades. Il a été observé que cette souche était beaucoup plus résistante à l'effet des métaux lourds par rapport à un autre isolat identifié en tant que Pseudomonas sp. et à une souche de P. aeruginosa (Bollag et Barabasz, 1979).

Aucune donnée n'a été relevée sur la résistance de la souche13867 de Pseudomonas sp. aux désinfectants, tels que le chlore et les composés d'ammonium quaternaire.

1.1.2.5 Caractéristiques pathogéniques et toxigènes

Les facteurs de virulence associés à P. aeruginosasont notamment: pili; flagelles; sidérophores; pyocyanine; élastase; protéases; rhamnolipides; alginate; autres polysaccharides; lipopolysaccharides (examiné dans Hay et al., 2014; Nelson et al., 2002; Palleroni, 2005). La liste dans la Pseudomonas Genome Database concernant la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. confirme la présence de certains de ces facteurs de virulence (Winsor et al., 2011), dont:

• gènes participant à la sécrétion, y compris, sans toutefois s'y limiter: sécrétion de typeIII, protéine IcmF associée à la sécrétion de typeVI, protéine associée au système de sécrétion de typeIV et protéine hybride de la membrane associée à la sécrétion de typeI (HlyD);
• gènes associés à la formation et à la modification du pilus, y compris, sans toutefois s'y limiter: protéine de modification du pilus associée au système de sécrétion de typeVI (PilV), formation du pilus (PilZ), protéine du système, protéine de biogenèse/stabilité du pilus (PilW) et protéine de formation du pilus (PilM);
• molécules de détection du quorum: protéine DksA de liaison à l'ARN polymérase, régulateur de la transcription MetRet régulateur de la transcription de la famille TraR/DskA;
• protéines associées aux sidérophores, y compris: protéine de réception du signal du complexe fer-sidérophore (FecR), récepteur de sidérophores par l'intermédiaire de TonB, protéine de biosynthèse des sidérophores et protéine de liaison périplasmatique soluble associée au transporteur ABC du complexe sidérophore-Fe3+;
• monooxygénase associée à la biosynthèse d'antibiotiques, kinase de résistance aux antibiotiques aminoglycosidase/hydroxyurée, protéine phosphinothricine-N-acétyl-transférase (résistance aux antibiotiques) et transporteur d'antibiotiques.

Une recherche dans la documentation et la liste de la Pseudomonas Genome Database concernant la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. confirme l'absence de toxines extracellulaires, telles que les rhamnolipides, la pyocyanine, la pyocheline et l'acide cyanhydrique (Winsor et al., 2011)

L'alginate, un exopolysaccharide, secrété aide la bactérie à s'adapter à de nombreux habitats et à y survivre. Il intervient également dans la formation de biofilms et de capsules et peut accroître la résistance aux antibiotiques et aux bactéricides, renforçant ainsi la capacité de la bactérie à s'évader du système immunitaire de l'hôte (Govan et Deretic, 1996; examiné dans Hay et al., 2014; Rezaee et al., 2002). Plusieurs gènes associés à la régulation et à la biosynthèse de l'alginate ont été repérés dans la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., dont: alg8, alg44, algK, algE, algG, algX, algL, algJ, algF, algR et algB (examiné dans Hay et al., 2014; Winsor et al., 2011). Cependant, d'autres gènes nécessaires à la régulation et à la biosynthèse de l'alginate (comme algD [promoteur], algA, algU, algC et amrZ) n'ont pas été repérés (examiné dans Hay et al., 2014; Winsor et al., 2011).

Les biofilms constituent un mécanisme de pathogénicité largement reconnu chez les pseudomonades. Les biofilms contribuent à la persistance des infections, et les cellules qui les composent sont jusqu'à 1000fois plus résistantes aux effets des agents antimicrobiens que leurs hom*ologues planctoniques (O'Toole et Kolter, 1998; Costerton et al., 1999; Mah et O'Toole, 2001). On sait que la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. forme des biofilms (Harrison et al., 2011; Wragg et al., 2012).

Une forte activité hémolytique (ainsi qu'une activité lécithinase) peut révéler la présence de phospholipases cytotoxiques qui peuvent faciliter l'invasion et qui sont associées à la virulence (Rowan et al., 2001; Sorokulova et al., 2008). Les scientifiques de Santé Canada n'ont observé aucune activité hémolytique lors de l'étude sur la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.

L'activité de la catalase permet au micro-organisme de se protéger contre les éliminations entraînées par l'oxygène réactif que provoquent les cellules immunitaires, ce qui fait de lui un agent pathogène plus efficace. Les scientifiques de Santé Canada ont déterminé que l'activité de la catalase était positive chez la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.

Dans les essais réalisés par les scientifiques de Santé Canada, la cytotoxicité de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a été évaluée dans deux lignées cellulaires, J774A.1 (cellules macrophages) et HT29 (cellules épithéliales coliques humaines), avec et sans gentamicine. Aucune toxicité n'a été observée dans les cellulesHT29. Une certaine toxicité a été observée dans les cellulesJ774A.1 en présence de gentamicine. En l'absence d'antibiotiques, les cellules J774A.1 étaient également plus sensibles que les cellules HT29 (en général, les cellules J774A.1 sont plus sensibles aux substances toxiques). Toutefois, dans l'ensemble, la toxicité est limitée (bioréduction maximale de 30% après 24heures), ce qui laisse entendre que les composantes structurales de la bactérie peuvent provoquer une réponse toxique limitée. Des réponses marginales semblables ont été observées chez certaines espèces Acinetobacter ayant fait l'objet du même test MTT (Tayabali et al., 2012). Aux fins de comparaison, des souches du pathogène connu, P. aeruginosa, ont causé une diminution allant de 60 à 90% de la production de formazan du MTT.

Afin de faire preuve de prudence et pour garantir que seront répertoriés tous les cas d'infection pouvant impliquer la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ou des souches étroitement apparentées, la section suivante comprend aussi des renseignements sur les cas d'infection attribués à P. denitrificans.

1.1.3.1 Environnement

Une étude a indiqué que P. denitrificans était répandu dans les populations de nématodes des plantes, Xiphinema americanum, en Virginie-Occidentale. Toutefois, il n'était pas clair si la nature de la relation était symbiotique ou pathogène (Adams et Eichenmuller, 1963).

On n'a trouvé aucune donnée indiquant explicitement que la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ou des souches étroitement apparentées (souche SP2 de Pseudomonas sp., P. nitroreducenset P. citronellolis) contribuaient aux effets nocifs sur les plantes, les vertébrés ou les invertébrés terrestres ou aquatiques.

1.1.3.2 Humains

De même, aucune donnée n'a été relevée indiquant que la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ou ses proches parents (souche SP2 de Pseudomonas sp., P. nitroreducens et P. citronellolis) contribuaient aux effets nocifs sur la santé humaine.

Un cas mortel impliquant une souche de P. denitrificanscomme agent étiologique d'une infection grave chez une personne présentant une prédisposition en raison d'une maladie sous-jacente a été recensé (Fischer et al., 1981). Des cultures pures de P.denitrificans ont été isolées du liquide céphalorachidien dans un cas de méningite mortelle chez un patient atteint de lupus érythémateux disséminé, d'ulcère de jambe, d'insuffisance mitrale, de troubles épileptiques et de démence légère. Les auteurs ont proposé qu'un ancien ulcère en voie de guérison aurait été à l'origine de la bactériémie, ayant finalement entraîné l'infection des méninges également. Dans ce cas, la résistance à un certain nombre d'antibiotiques a compromis le traitement. On ne sait pas avec certitude si le micro-organisme isolé était apparenté de près ou de loin à la souche inscrite sur la LIS.

Chez un patient atteint de fibrose kystique présentant des antécédents d'abcès pulmonaires bilatéraux récurrents au cours des deux années précédentes, les résultats d'une bronchoscopie réalisée à des fins thérapeutiques ont indiqué la présence de P. denitrificans et de S.aureus (Canny et al., 1986). Malgré un traitement par tobramycine, ticarcilline et cloxacilline, le patient a subi un choc septique avec coagulation intravasculaire disséminée et insuffisance rénale ayant causé la mort. À l'autopsie d'un patient atteint de fibrose kystique, P. denitrificans a été isolé parallèlement à S. aureus d'un abcès pulmonaire, mais les hématocultures n'ont permis de détecter que P. denitrificans qui présentait une sensibilité aux antibiotiques correspondant à l'organisme mis en culture et prélevé à partir de l'abcès pulmonaire.

Aucun cas de réaction allergique liée à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ou à des souches étroitement apparentées (souche SP2 de Pseudomonas sp., P. nitroreducens et P. citronellolis) n'a été trouvé dans les publications scientifiques. Comme tous les micro-organismes, la souche inscrite sur la LIS contient ou produit des composants, tels que des lipopolysaccharides et des enzymes, qui peuvent agir en tant qu'immunostimulants, allergènes ou sensibilisants. La sensibilisation ou les réactions allergiques aux micro-organismes pourraient se produire par voie cutanée ou respiratoire chez des personnes fréquemment exposées ou vulnérables (Martel et al., 2010; Ring et al., 1992).

On estime que la gravité du danger pour l'environnement et la santé humaine attribuable à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. est faible en raison des points suivants: 1)on peut distinguer la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. des espèces Pseudomonasétroitement apparentées, de celles que l'on trouve dans l'environnement et des souches de P. aeruginosa qui sont pathogènes pour les espèces environnementales et humaines; 2)bien qu'on ait repéré des gènes pouvant entraîné une virulence dans le génome de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., rien n'indique que la souche inscrite sur la LIS agit en tant que pathogène. Il est possible que les gènes de virulence soient inactifs ou qu'ils dépendent de l'expression d'autres gènes ou de gènes manquants pour causer un danger; 3)aucun effet nocif sur les espèces environnementales ou les humains attribué à la souche inscrite sur la LIS ou à une souche étroitement apparentée n'a été signalé; 4) dans le cas peu probable d'une infection, il existe des antibiotiques à usage vétérinaire et à usage clinique.

Les dangers liés à l'utilisation de ce micro-organisme en milieu de travail doivent être classés comme il se doit en vertu du Système d'information sur les matières dangereuses utilisées au travail (SIMDUT)^{Note de bas de page5}.

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Cette évaluation tient compte de l'exposition à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. résultant de son ajout à des produits commerciaux ou de grande consommation et de son utilisation dans des procédés industriels au Canada.

La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a été mise en candidature en 2005 pour être inscrite à la Liste intérieure des substances (LIS) aux fins d'utilisation dans des produits commerciaux et des produits de consommation.

Les réponses à un questionnaire volontaire envoyé en 2007 à un sous-ensemble de sociétés de biotechnologie clés ainsi que les renseignements obtenus d'autres programmes fédéraux réglementaires et non réglementaires indiquent que la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. a été utilisée à des fins commerciales en 2006.

Le gouvernement a procédé à une collecte obligatoire de renseignements en application de l'article71 de la LCPE, qui a été publié dans la PartieI de la Gazette du Canada le 3octobre2009 (avis en vertu de l'article71). L'avis en vertu de l'article71 s'appliquait à toute personne qui, au cours de l'année civile 2008, avait fabriqué ou importé la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., que ce soit seule, dans un mélange ou dans un produit. Aucune activité industrielle, commerciale ou par les consommateurs utilisant la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. n'a été déclarée en réponse à l'avis émis en vertu de l'article71.

Les relevés de2007 et2009 étaient vraiment différents en matière de cible et de portée. Dans cette évaluation, les résultats du relevé de2009 ont été utilisés pour estimer l'exposition due aux utilisations courantes, car elle nécessitait des renseignements sur les utilisations de la souche du micro-organisme qui est inscrit sur la Liste intérieure des substances, tandis que le relevé de2007 concernait les utilisations des produits qui avaient été associés au micro-organisme lorsque son inscription à la Liste intérieure des substances a été proposée. Compte tenu du fait que les préparations des produits ont pu changer, il se peut que les renseignements du relevé de2009 représentent plus exactement les utilisations actuelles. Les utilisations déclarées dans le relevé volontaire de2007 ont également été prises en compte dans l'évaluation des utilisations potentielles.

Bien qu'aucune utilisation de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. n'ait été déclarée dans le cadre de l'enquête obligatoire, elle est toujours en vente sur le marché par l'ATCC. Étant donné qu'elle est inscrite sur la LIS et peut donc être utilisée au Canada sans avis préalable, elle peut s'avérer un choix intéressant aux fins de commercialisation. Une recherche dans le domaine public (fiches signalétiques, publications et brevets) a permis de recenser les utilisations suivantes actuelles d'autres souches de Pseudomonas sp. dans les secteurs de la consommation, du commerce et de l'industrie. Afin de s'assurer que toutes les utilisations éventuelles de la souche inscrite sur la LIS soient prises en compte, les activités trouvées concernant P.denitrificans ont également été incluses:

• production de vitamineB₁₂ (Kang et al., 2012; Li et al., 2008a; Li et al., 2008b; Li et al., 2008c; Li et al., 2012; Li et al., 2013b), de la coenzymeQ (Aida et al., 1981), de cobalamines (Blanche et al., 1991; Blanche et al., 1997) et de produits chimiques de base (Yoshikuni et al., 2010);
• production de biocarburants (Yoshikuni et Kashiyama, 2009);
• amélioration du sol par la précipitation de minéraux découlant de la dénitrification microbienne (Ellis et al., 1996; Hamdan et al., 2011);
• traitementdes boues activées dans les usines de traitement des eaux usées municipales (Copp et Dold, 1998);
• traitement des eaux usées (Shiotani et al., 1998);
• dénitrification de l'eau (Nilsson et al., 1980);
• dégradation du pétrole (Yumoto et al., 2005) et utilisation potentielle pour la biorestauration des sols contaminés;
• utilisation dans un mélange de micro-organismes servant à réduire la pollution de l'atmosphère et de l'environnement en diminuant la concentration de monoxyde d'azote, d'ammoniac, de poussière fine et de CO2 provenant de sources de combustion et de la décontamination de milieux domestiques et commerciaux (Valenti, 2006).

D'après l'absence d'activités industrielles, commerciales et de consommation au Canada, selon l'avis en vertu de l'article71, on estime que l'exposition environnementale globale à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. est faible. Néanmoins, étant donné l'étendue et l'échelle des applications connues et potentielles de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. énumérées à la section2.1, il y a un risque d'augmentation de l'exposition environnementale aux produits contenant cette souche. Par conséquent, des scénarios d'exposition potentielle découlant de ces produits ont été pris en compte.

Si les utilisations possibles indiquées à la section2.1 se matérialisaient au Canada, l'exposition des plantes et des animaux à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. serait fonction de la persistance et de la survie de ce micro-organisme dans l'environnement. Toutefois, la souche inscrite sur la LIS est flexible sur le plan métabolique et elle devrait facilement coloniser de nouveaux milieux terrestres. Xiang et al. (2010) ont étudié la persistance de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. dans les microcosmes du sol et ont constaté que cette souche persistait dans le sol pendant au moins 181jours, ce qui indique une grande capacité de colonisation. Les auteurs laissent entendre que la persistance à long terme observée chez la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. peut être attribuable à la flexibilité métabolique de l'espèce et particulièrement à sa capacité de dénitrification aérobie. Dans une autre étude mentionnée à la section1.1.2.2, la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. formait des biofilms dans des colonnes à renouvellement continu sous pression; la phase solide était du mudstone et du grès à diatomées et la phase liquide, de l'eau souterraine synthétique et un supplément d'acétate de sodium. Le nombre de cellules a augmenté pendant la période expérimentale de 28jours (Harrison et al., 2011; Wragg et al., 2012). La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. devrait donc pouvoir survivre et persister dans la plupart des milieux terrestres et aquatiques.

Les scénarios d'exposition suivants s'appuient sur les utilisations connues d'autres souches et les utilisations futures probables décrites à la section2.1. Les utilisations, telles que la biorestauration ainsi que le traitement de l'eau et des eaux usées, sont susceptibles d'introduire la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. dans les écosystèmes terrestres. Il est probable que les invertébrés terrestres vivant dans les sols du lieu de l'application ou de l'élimination et les plantes poussant dans les sols traités soient les plus directement exposés. Les vertébrés pourraient ingérer la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. en se nourrissant des plantes ou des invertébrés vivant dans les sols traités ou contaminés.

Les espèces aquatiques et marines peuvent entrer en contact avec la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. en raison du ruissellement provenant de l'application terrestre et de l'application directe de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. à des plans d'eau pour des utilisations telles que le traitement de l'eau (douce et salée), le traitement des eaux usées ou l'élimination des eaux usées provenant d'applications telles que la récupération du pétrole et de métaux ou la fabrication de produits biochimiques et de biocarburants.

Les applications aquatiques pourraient également exposer les espèces terrestres. Par exemple, les animaux au pâturage pourraient ingérer la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. à la suite de son utilisation dans la restauration de la qualité de l'eau, et les plantes et les invertébrés terricoles pourraient être exposés à la suite du traitement des bassins d'irrigation.

En cas de reprise d'activités commerciales, industrielles ou de consommation, l'exposition de l'environnement à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. augmentera probablement. Les milieux naturels et les espèces qui seront exposés à la souche inscrite sur la Liste intérieure des substances dépendront des utilisations mentionnées dans les scénarios d'exposition décrits ci-dessus.

D'après l'absence d'activités industrielles, commerciales et de consommation au Canada, selon l'avis en vertu de l'article71, on estime que l'exposition humaine globale à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. est faible. Néanmoins, étant donné l'étendue et l'échelle des applications connues et potentielles de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. énumérées à la section2.1, il y a un risque d'augmentation de l'exposition humaine aux produits contenant cette souche, de sorte que des scénarios d'exposition découlant de ces produits ont été pris en compte.

Si des utilisations possibles indiquées à la section2.1 se matérialisaient au Canada, l'exposition humaine pourrait être plus grande en raison de l'utilisation de produits de consommation prévus pour le traitement des aquariums et des bassins décoratifs, le dégraissage des drains de cuisine, le nettoyage et la désodorisation des fosses septiques ainsi que le compostage. On s'attend à ce que la manipulation et l'application de ces produits entraînent l'exposition directe de la peau. L'inhalation de gouttelettes pulvérisées ou de poussières en suspension dans l'air contenant la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp. produites pendant l'application de ces produits est également possible.

Après l'application du produit, la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. résiduelle sur les surfaces et dans les réservoirs, tels que les canalisations traitées, pourrait entraîner une exposition cutanée, une exposition orale par ingestion fortuite si l'organisme persiste sur les surfaces de préparation des aliments et une exposition par inhalation lorsque les aérosols sont générés (p. ex. avec les broyeurs à ordures dans les cuisines). Puisque la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. devrait persister après l'application, ces expositions peuvent ne pas avoir lieu au moment de l'application.

Si des produits commerciaux contenant la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. deviennent accessibles au Canada, la population générale pourrait faire l'objet d'une exposition fortuite lors de l'application de ces produits commerciaux. Le degré d'exposition fortuite dépendra du mode d'application, du volume appliqué et de la proximité des tierces personnes par rapport au lieu de l'application, mais il devrait en général être modéré.

L'exposition humaine à des plans d'eau et à des sols traités avec la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. (p. ex. pendant des activités récréatives) pourrait également conduire à l'exposition de la peau et des yeux, ainsi qu'à une ingestion fortuite.

L'exposition indirecte à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. dans l'environnement à la suite de son utilisation dans la récupération du pétrole, le traitement de l'eau et des eaux usées, la biorestauration du sol ou l'élimination des déchets provenant de son utilisation dans la production d'enzymes aurait certainement lieu aux alentours des sites d'application ou d'élimination, mais ne devrait pas être plus importante que l'exposition directe découlant de l'utilisation de l'organisme dans les produits de consommation.

Si l'organisme pénètre dans les systèmes municipaux de traitement de l'eau potable par l'intermédiaire de rejets provenant des utilisations potentielles, ces micro-organismes devraient être éliminés de façon efficace de l'eau potable à l'aide du procédé de traitement de l'eau, qui comprend au moins l'une des méthodes suivantes: la coagulation, la floculation, l'ozonisation, la filtration, le rayonnement ultraviolet et la chloration.

S'il y a utilisation commerciale, industrielle ou de consommation de la souche ATCC13867 de Pseudomonas sp., l'exposition humaine dans les scénarios d'exposition décrits ci-dessus peut se produire et pourrait comprendre une exposition directe et vraisemblablement répétée à des préparations concentrées de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp.

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Dans cette évaluation, le risque est caractérisé selon un paradigme qui veut qu'un danger et l'exposition à ce danger soient tous deux nécessaires pour qu'il y ait un risque. La conclusion de l'évaluation des risques est basée sur le danger et sur ce que l'on connaît de l'exposition due aux utilisations actuelles.

Concernant la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp., on estime que le danger est faible tant pour l'environnement que pour la santé humaine. Étant donné l’absence d’activités industrielles, commerciales ou de consommation au Canada selon l’Avis en vertu de l’article 71, on ne s'attend pas actuellement à une exposition de l'environnement ou à une exposition humaine à la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. (faible exposition); on estime donc que le risque associé aux utilisations actuelles devrait être faible pour l'environnement et la santé humaine.

La détermination du risque posé que présentent les utilisations actuelles est suivie par la prise en compte du danger estimé lié à de futures expositions prévisibles (découlant de nouvelles utilisations).

La souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. possède des propriétés intéressantes pour des applications qui pourraient entraîner l'exposition de l'environnement et de la population générale du Canada à cette souche dans l'avenir. Le risque pour l'environnement et la santé humaine que présentent les futures utilisations prévisibles de la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. est également faible étant donné qu'il n'y a aucune preuve d'effets nocifs sur la santé humaine ou sur l'environnement.

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À la lumière des renseignements présentés dans cette évaluation préalable, on conclut que la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ne pénètre pas dans l'environnement en une quantité ou concentration ou dans des conditions de nature à:

• avoir, immédiatement ou à long terme, un effet nocif sur l'environnement ou sur la diversité biologique;
• mettre en danger l'environnement essentiel pour la vie;
• constituer ou pouvoir constituer un danger au Canada pour la vie ou la santé humaines.

On conclut donc que la souche ATCC 13867 de Pseudomonas sp. ne satisfait à aucun des critères énoncés à l'article64 de la LCPE.

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